A baleia Franca mereceu a criação da maior área de preservação no Estado 
A região dos Cânions dos Aparados da Serra é protegida por dois parques nacionais 
Exemplar da flora na Serra do Tabuleiro Ecossistemas
Todo o território catarinense está situado no domínio da Mata Atlântica. A biodiversidade da floresta é surpreendente: estimativas da fauna indicam 1.361 espécies de mamíferos, aves, répteis e anfíbios, das quais 567 (41,6%) são endêmicas (só ocorrem ali), e 20 mil espécies de plantas (40% endêmicas). É a floresta mais rica do mundo em espécies arbóreas. No entanto, os diferentes ciclos de exploração econômica no Brasil reduziram esta cobertura vegetal para 8% da sua área original. Santa Catarina conseguiu manter uma proporção quase 4 vezes maior que a média brasileira: continuam preservados 31,4% da porção original da Mata no Estado.
A Mata Atlântica apresenta distintas formações florestais no território catarinense. Na planície costeira predomina uma vegetação de pequeno porte influenciada pelo oceano. Os mangues, restingas e dunas são característicos desta área. Em direção Oeste, após a vegetação litorânea, encontra-se a Floresta Tropical Atlântica. Nesse ambiente, a biodiversidade atinge seu ápice. Há árvores de até 35 metros, entremeadas por árvores menores e arbustos, formando uma comunidade densa. Essa floresta penetra até 150 km no interior. Nos aparados da Serra Geral e nas cristas da Serra do Mar, em altitudes acima de 1.200 metros, fica a Floresta Nebular, assim chamada por estar constantemente coberta por neblina.
No Planalto Ocidental, que constitui a parte mais extensa do território catarinense, a árvore típica é a Araucaria angustifolia. O domínio da Araucária é intercalado pela ocorrência dos campos e da floresta de transição. Também no Planalto, ao longo do Vale do Rio Uruguai e subindo por seus afluentes até altitudes de 600 a 800 metros, encontra-se uma floresta subtropical, caracterizada por árvores que perdem parcial ou totalmente as folhas durante o inverno.